Modifikasjon er en mindre forandring, en tilpasning eller en tillempning. Ordet er ofte brukt som en eufemisme for løgn i uttrykket «sannhet med modifikasjoner».

I biologi brukes ordet om endringer hos levende vesener som er fremkalt av påvirkninger fra miljøet.

I kjemi er modifikasjon en betegnelse for de forskjellige formene som et stoff kan opptre i på grunn av forskjellig krystalloppbygning.