Shogun var den øverste militære tittelen i Japans middelalder og tidlig moderne periode. Fra 1192 lå i praksis den utøvende makt hos shogunen, mens keiseren bare var nominelt statsoverhode.

Den militære styresmakten som ble ledet av shogun blir kalt shogunat. Det første shogunatet som ble opprettet hold til i Kamakura i perioden 1192 til 1333. Ashikaga-huset overtok shogunverdigheten i 1333. Ashikaga flyttet shogunatets residensstad til Muromachi i Kyoto blant annet fordi byen lå mer sentralt til når det gjaldt å kontrollere Vest-Japan. Etter over hundre år med borgerkrig blant landets mange daimyo ble til slutt landet forenet under Tokugawa Ieyasu i 1600. Ieyasu ble oppnevnt til shogun av keiseren i 1603 og dette var starten på Tokugawa-perioden som varte til 1867.