De første flyene kom til Lofoten midt på 1920-tallet, ombord på det tyske cruiseskipet DS Oceana. I fire–fem år brakte fartøyet med seg et Junkers F-13 til passasjerflygninger på seilasen.

Det Norske Luftfartselskap (DNL) startet 7. juni 1936 prøvedrift av en sjøflyrute i Ofoten, Vesterålen og Lofoten med flyet «Ternen». Ruten omfattet Harstad, Liland, Stokmarknes, Risøyhamn og Gravdal ved Leknes. Ruten ble drevet i bare ni dager, og den ble ikke gjenopptatt kommende år.

I 1946 ble sjøflyrutene til Lofoten gjenopptatt, men da var ikke Gravdal inkludert. Først i 1962 kom Gravdal inn på ruteplanen igjen, og da var det Widerøe som var operatør. Widerøes sjøflyrute ble drevet frem til og med sommeren 1971, da det var det slutt for all sjøflytrafikk i Norge. For Gravdal sin del endte sjøflytrafikken med en tragisk ulykke. Ved et ambulanseoppdrag ble flyet kastet rundt, og piloten omkom.

I 1965 ble Håkon Kyllingmark fra Svolvær ny samferdselsminister, og mye av luftfarten i Norge var i endring. I stortingsmelding nr. 47 (1966–67) om utbygging av flyplasser ble Leknes og Gimsøy vurdert som aktuelle områder for stamruteflyplass i Lofoten. Luftfartsdirektoratet konkluderte imidlertid med at forholdene på Leknes ikke tillot forsvarlig trafikk, spesielt ikke med jetfly.

Håkon Kyllingmark ønsket å knytte distriktene i større grad til stamrutenettet, ved å bygge ut et nett med kortbaneflyplasser. Kortere rullebane gjorde at det trengtes mindre infrastruktur og raskere byggetid. Leknes, Svolvær og Stokmarknes fikk hver sin del av kortbanenettet i 1972.

30. juni 1972 ble Leknes lufthavn åpnet, med Vestvågøy kommune som eier. Daværende samferdselsminister Reiulf Steen sto for den offisielle åpningen, og det var mellom 5000 og 6000 tilskuere tilstede.

Dagen etter åpningen startet Widerøe flyging til og fra lufthavnen med Twin Otter. I ettertid har også Dash 7 betjent Leknes, og de siste årene har Widerøe anløpt med Dash 8.

Avinor AS overtok lufthavnen fra kommunen i 1996.

Lofoten flyklubb holder til på lufthavnen og har egen hangar der.

Avinor AS har vurdert rullebaneutvidelse ved lufthavnen for å kunne ta ned større flytyper, men det er ikke konkrete planer om og når dette eventuelt vil kunne skje.

Fra 8. april 2025 har kontrolltårnet ved Leknes lufthavn stått ubemannet, da lufttrafikktjenesten ble overført til Avinors tårnsentral – Remote Tower Centre – i Bodø. All lufttrafikktjeneste ved lufthavnen utføres nå fjernstyrt fra denne sentralen.

I 1973 ble et parkert og betongforankret Cessna privatfly tatt av et vindkast, og løftet opp i en lysmast, der det ble hengende fast.

• ICAO flyplasskode: ENLK
• IATA flyplasskode: LKN
• Betjening: RTC (Avinor Remote Tower Centre)
• Rullebane (TODA): 799/799 meter
• Høyde: 23,8 meter over havet

• Lofoten
• kortbaneflyplass
• Svolvær lufthavn, Helle

• Avinor: Leknes lufthavn, Leknes
• Lofoten flyklubb