Histokjemi er et spesialområde innen histologien hvor hensikten er å kunne identifisere og lokalisere biokjemiske substanser i cellene og den kjemiske oppbygningen av strukturen i normalt og patologisk vev. Substanser som nukleinsyrer, proteiner, lipider og karbohydratkomplekser kan derved lokaliseres og undersøkes selektivt.

Histokjemi kan gjøres både ved vanlige fargemetoder og lysmikroskop, eller ved bruk av elektronmikroskop (ultrahistokjemi).

Histokjemien benytter også antigen-antistoffreaksjonen på et vevssnitt (immunhistokjemi) og synliggjør reaksjonsstedet ved et fluorokrom (fluorescensimmunhistokjemi) eller et enzym (enzymimmunhistokjemi) for spesifikk identifisering og lokalisering av antigenet.