Juan Goytisolos barndom var preget av den spanske borgerkrigen. 7 år gammel mistet han sin mor i et flyangrep. Han studerte rettsvitenskap, men i 1956 forlot han Spania for Paris, til det som ble et selvpålagt eksil.

Han ble ansatt i forlaget Gallimard som litterær konsulent med særlig ansvar for spansk litteratur. Samtidig skrev han selv. I 1963 ble tekstene hans forbudt publisert i Spania, et forbud som varte til Francos død.

I Paris ble han tatt inn i miljøet rundt blant andre Jean-Paul Sartre, Simone de Beauvoir og Roland Barthes. Selv om han etter hvert anerkjente sin egen homoseksualitet, giftet han seg i 1978 med den franske forfatteren Monique Lange, som tilhørte det samme intellektuelle miljøet. Etter hennes død i 1996 etablerte Goytisolo seg for godt i Marrakech i Marokko.

Juan Goytisolo var flerspråklig. Morsmålet var kastiljansk, og han lærte seg blant annet arabisk. I perioden 1969–1975 underviste han i litteratur ved universiteter i California, Boston og New York. I New York ble han kjent med Edward Said, forfatter av Orientalismen, og dukket selv inn i Spanias jødiske og arabiske historie og kulturarv fra middelalderen. Dette resulterte i en omskriving av spansk litteraturhistorie, formidlet gjennom essays.

Goytisolo utga et femtitalls verker innen ulike sjangre, deriblant 22 romaner og en rekke essaysamlinger. Han ble internasjonalt kjent for sin debutroman Unge mordere (Juegos de manos, 1954; norsk oversettelse 1960). Den etterfølgende Sorg i paradis (Duelo en el Paraíso, 1955; norsk oversettelse 1960) er en skildring av hvordan barn ble preget av den spanske borgerkrigen. I en trilogi med fellestittelen El mañana efímero kritiserte han etterkrigstidens spanske samfunn: El circo (1957), Fiestas (1958) og La resaca (1958). I 1961 utkom La isla (1964), en realistisk skildring av luksustilværelsen ved en spansk badestrand, og året etter Fin de fiesta, fire ekteskapsnoveller.

Fra 1966 endret han skrivestil, fra sosialrealisme til en stil inspirert av russisk formalisme og fransk strukturalisme

I Señas de identidad (1966) vender hovedpersonen tilbake til Spania og til fortiden, på leting etter sin identitet. Boken er samtidig et krast angrep på Franco-regimet. Hovedpersonen i Reivindicación del Conde don Julián (1970) drømmer om en ny «maurisk erobring» av Spania som kunne føre til ødeleggelsen av alle gamle nasjonale myter. Goytisolos oppgjør med fortiden føres videre i Juan sin tierra (1975), der forfatteren også fornekter sitt morsmål. Disse tre romanene er en trilogi (oversatt til engelsk) og regnes av mange som hans som hans viktigste verk.

Senere romaner er Makbara (1980), Paisajes después de la batalla (1982), En los reinos de Taifa (1986), La saga de los Marx (1993), Las virtudes del pájaro solitario (1988) og El sitio de los sitios (1995 ), Ukene i hagen – slik de ble nedtegnet (Las semanas del jardín1997; norsk oversettelse i 2021). I 2000 kom romanen Carajicomedia: de Fray Bugeo Montesino y otros pájaros de vario plumaje y pluma, Telón de boca (2003), El exiliado de aqui y allà (2008).

Takket være Juan Goytisolo kom Jamaâ el-Fna plassen i Marrakech på UNESCOs liste over immateriell verdensarv, som sted for muntlig overlevering og fortelling.

Juan Goytisolo fikk en serie litterære priser. Den viktigste var den store Cervantes prisen i 2014. I juryens begrunnelsen for tildelingen heter det:

…«for sin evne til språklig utforsking og kompleks stil, utviklet innen flere litterære genre, for viljen til å integrere ytterkantene av Spanias heterodokse tradisjon og for sin vedvarende innsats for interkulturell dialog.»

Goytisolo var bror av forfatterne José Agustín og Luis Goytisolo.

• Cervantes-prisen 2014
• Premio Nacional de las Letras Españolas 2008
• Premio Juan Rulfo 2004
• Premio de Ensayo y Poesía Octavio Paz (2002)

• Spanias litteratur
• Spanias historie
• Spanias samtidshistorie

• Goytisolo i Real Academia de la Historia (spansk)
• Goytisolo i Biografías y Vidas (spansk)
• Treff på Goytisolo i Cervantes-biblioteket (spansk)
• Goytisolo i Cervantes-instituttet (spansk)
• Artikkel Scourge of the new Spain (The Guardian, engelsk)
• Ignacio Ramont: Au-delà de l’orientalisme. (Le Monde Diplomatique 1985, fransk)
• Hisham Aidi: L’anti-orientalisme ambigue de Juan Goyitisolo. (Orient XXI…fransk)
• Thomas Hove in Contemporary Fiction 2001
• Licia Stecher: Estructura y lenguaje en Senãs de identidad de Juan Goytisolo. (Revista chilena de literatura, jan. 2002. Researchgate.)
• Fernanda Eberstadt: The Anti -Orientalist,NY Times Magazine 2006.
• Nekrolog over Goytisolo (The Guardian, engelsk)