Andesfjellene deler Peru i to klimasoner. I øst blir klimaet påvirket av sørøstpassaten, som transporterer fuktig luft fra Atlanterhavet inn mot regionen. Her er det tropisk regnklima med årsnedbør 2000–3000 mm, middeltemperatur omkring 27 °C og liten variasjon mellom varmeste og kaldeste måned. Langs kysten vest for Andesfjellene har man imidlertid ørkenklima med årsnedbør under 50 mm.

Varmeste tid på året er februar–mai med middeltemperaturer 20–25 °C, og kaldeste tid er juli–september med 15–20 °C. Dette er relativt lave temperaturer for disse breddegrader, noe som skyldes den kalde Perustrømmens temperaturmessige innflytelse. I Andesfjellene avtar temperaturen med høyden, samtidig som nedbøren tiltar.