Prefektur, område eller embete styrt av en prefekt, utpekt av et annet myndighetsorgan.

Uttrykket praefectura stammer fra latin og viser til et myndighetsområde hvor romerske embetsmenn i republikken hadde utpekt en prefekt til å utføre juridiske oppgaver eller assistere lokale myndigheter i slike. En praefectus var i romersk sammenheng ellers stort sett knyttet til militære oppgaver, med gardeprefekten (praefectus praetorio) som den fremste. I keisertiden kunne mindre militærprovinser bli bestyrt av en prefekt. Dessuten ble det i Roma by etablert en egen tittel som byprefekt (praefectus urbi).