Startkultur er en kultur av levende mikroorganismer som tilsettes under produksjon av ulike produkter som yoghurt og kulturmelk, brød og spekepølse, for å sette i gang en fermenterings- eller gjæringsprosess. Begrepet benyttes vanligvis om bakteriekulturer av melkesyrebakterier (Lactobacillus-stammer), men også brødgjær og vingjær er en form for startkultur.

En startkultur som inneholder en bestemt mikroorganisme vil gi denne mikroorganismen et fortrinn slik at den konkurrerer ut andre mikroorganismer. Ved å tilsette mikroorganismer med kjente egenskaper kan man styre produksjonen og oppnå ønsket kvalitet på sluttproduktet. Smak, surhetsgrad, konsistens med mer kan påvirkes av valget av mikroorganismer.

Uttrykket kan også brukes om startkulturer av andre typer organismer og/eller for andre formål, for eksempel kan man kjøpe startkulturer av mikroalger. Surdeig som brukes i brødbaking er også en form for startkultur.