Mysterium er noko som er utanfor fatteevne, eit dunkelt og uforklarleg fenomen eller ei hending ein ikkje kan forklara; ei hemmelegheit eller ei gåte. Eksempel: kjærleikens mysterium; naturens mysterium; det er framleis eit mysterium korleis bilen hamna i elva.

I gresk religion står mysterium for dei løyndomsfulle, religiøse handlingane som berre dei innvigde får ta del i. Ein mysteriekult er ei eksklusiv religiøs gruppe som er oppteken med esoteriske ritual, til dømes den elevsinske mysteriekulten.

Mysteriespel eller pasjonsspel var skodespel som vart framførte i kyrkjene i mellomalderen.