Elektronmikroskopiske undersøkelser har vist at den indre bygningen er liknende i alle flageller og i cilier (se flimmerhår), med to sentrale mikrotubuli omgitt av ni perifere par.

Flagellene kan være glatte, bare omgitt av en flagellmembran, eller de kan være dekket med organiske skjell, eller ha rekker med flagellhår langs overflaten, avhengig av deres systematiske tilhørighet.

En piskeflagell har glatt overflate, en flimmerflagell har to rekker med tubulære hår som gir den spesielle svømmeegenskaper.

Flageller hos bakterier har en enklere bygning.

• flimmerhår
• bevegelse – zoologi