Fonologisk er det ein sterk tendens til at ei staving ikkje kan begynne med meir enn éin konsonant, her illustrert med ei setning som tydet 'Eg elskar deg' på nokre niger-kongospråk:

• swahili: nakupenda
• shona: ndinokuda
• tswana: ke a go rata
• fulfulde: mi yiɗi ma
• ewe: melɔ̃ wò

Dei fleste niger-kongospråk har prenasalerte konsonantar, av typen mb, nd, ŋg, nʤ, nz, det vil seie enkeltkonsonantar som begynner som ein nasal og sluttar som ein plosiv, affrikat eller frikativ. Dette inneber til dømes at nd fremst i shona ndinokuda 'eg elskar deg' er éin konsonant. I nokre bantuspråk, som swahili, finst det syllabiske nasalar, som oppfører seg som ein konsonant pluss ein vokal, til dømes mtoto 'barn', som har tre stavingar – m.to.to. Med andre ord er ikkje mt her ei konsonantgruppe fremst i ei staving.

I alle greiner av niger-kongospråka med unnatak av mande (sjå avsnittet Klassifisering nedanfor) har dei fleste språka store genus-system, som regel med mellom 10 og 20 genus. Genusa er markerte med eigne affiks, eitt for eintal og eit for fleirtal. Bantuspråka har genus-prefiks, mens til dømes fulfulde har genus-suffiks, som vist i desse døma, der adjektivet følgjer substantivet, slik det er vanleg i niger-kongospråka (bindestrekane er lagde til for å vise strukturen i orda):

• swahili
  • ki-su ki-dogo 'liten kniv'
  • vi-su vi-dogo 'små knivar'
  • m-toto m-dogo 'lite barn'
  • wa-toto wa-dogo 'små born'
• fulfulde
• laɓ-i pamar-i 'liten kniv'
• laɓ-e pamar-e 'små knivar'
• ɓiŋ-ŋgel pamar-el 'lite barn'
• ɓik-kon pamar-on 'små born'

Nokre språk har mista genussystemet, men det finst alltid restar av det, oftast slik at dei opphavlege genus-markørane lever vidare som avleiingsaffiks.

Dei fleste niger-kongospråk har leddstillinga SVO (subjekt + verbal + objekt), med unnatak av mandespråka, der SOV dominerer.

Kasus finst ikkje i nokon niger-kongospråk. Informasjon om den syntaktiske funksjonen til eit setningsledd kjem fram ved ordstilling og/eller kongruens-markørar på verbet.

Nomenfrasen har overleddet først, følgt av ulike attributtar (adledd). Dette gjeld i både SVO- og SOV-språk.

Greenberg presenterte ei klassifisering der niger-kongospråka hadde seks hovudgreiner – her med dei engelske namna i parentes når dei skil seg frå dei norske:

1. Vest-atlantisk (West Atlantic) [seinare kalla atlantisk (Atlantic)]
2. Mande
3. Gur
4. Kwa
5. Benue-kongo
6. Adamawa-austleg (Adamawa-Eastern) [seinare kalla adamawa-ubangi]

Good (2020) peikar på at enno i dag er svært mange problem uløyste. Språka i greinene atlantisk, gur, kwa, benue-kongo og adamawa blir rekna som niger-kongospråk, men greinene har ein usikker status. Utgjer dei såkalla atlantiske språk éi eller fleire greiner av språkfamilien? Kvar går grensa mellom kwa og benue-kongo? Kvar går grensa mellom gur og adamawa? Er adamawa ei koherent gruppe? Vidare er det uklart om mande og ubangi i det heile kan reknast til niger-kongospråka.

Klassifiseringa til Kay Williamson (og Ethnologue) har ein hierarkisk struktur som Greenberg manglar. Først opererer ho med ei tredeling i 1. atlantisk-kongo, 2. mande og 3. kordofansk, deretter ei tredeling av atlantisk-kongo i 1. atlantisk, 2. ijoid og 3. volta-kongo. Vidare er volta-kongo delt i dei fem greinene 1. benue-kongo, 2. dogon, 3. kru, 4. kwa og 5. nord. Så er benue-kongo delt i 13 eller 14 undergrupper og nord i to – og så vidare. Good (2020) har ein kritisk gjennomgang av denne klassifiseringa og skriv at det er uklart kva kriterium Williamson byggjer dette hierarkiet på. Truleg er hovudmetoden hennar leksikostatistikk, ein forskingsmetode som den amerikanske lingvisten Morris Swadesh (1909–19767) utvikla på 1950-talet og som dei fleste språkforskarar er sterkt kritiske til. Mellom mykje anna bør det nemnast at dei såkalla kordofanske språka truleg høyrer til niger-kongospråka, men det er usikkert om dei utgjer éi gruppe. Dessutan er det uklart om dei ijoide språka og dogon kan reknast som niger-kongospråk. Benue-kongo er heller ikkje ei uproblematisk gruppe. Som nemnt i avsnittet Klassifisering til Greenberg er grensa mellom benue-kongo og kwa uklar. Innanfor det som her er kalla benue-kongo er det også mange problem; mellom anna har ein ikkje funne noko kriterium som eintydig skil bantuspråka frå andre bantoide språk.